当院は、地域の中核的医療機関として昭和２８年９月に開設し、県南、北薩地方における地域医療の基幹病院として７３年に渡り地域住民に寄与してきた。
昭和６２年１２月から平成２年１月までの２年の歳月をかけ、より良質の医療を提供するため改築工事を行い、平成１７年４月には、医療機能の充実と合理化のため、リハビリ館を増築した。２つの市立病院の統合により地域住民の健康と医療福祉の向上に努めている。
現在、水俣市の人口は２１，０７７人（令和８年１月末現在）であるが、病床数は２９３床、診療科目２０科を有する当医療センターは、時代のニーズに即応した救急医療、予防からリハビリ医療までの包括的医療の整備を重点に置いている。